La historia de los personajes de Xenogears son en realidad conceptos de la psicología freudiana. También hay un personaje con el mismo nombre que el psicoanalista frances Jacques Lacan. La allusion más obvia es la que envuelve al protagonista, Fei Fong Wong, y su Ego, Yo y Superyo.
Fei Fong Wong, el personaje principal de la historia. Su nombre está basado en el legendario Wong Fei Hung. Fei ha vivido durante los últimos 3 años en Lahan y no tiene memoria de nada antes que eso. Después de causar la destrucción de Lahan, Fei se use a Shitan Uzuki y otros aliados para destapar las manipulaciones de Solaris, y por ultimo, Dios. Fei experimenta perdidas de memoria y su Ego es un poderoso individuo, producto de la angustia de la juventud de Fei. Gran luchador, Fei pelea con sus puños en la batalla.
Elhaym Van Houten, a la que todos llaman Elly, es una habilidosa oficial de Geburah que conoce a Fei en los bosques cerca de Lahan. Elly tiene como misión robar un Gear de Kislev, pero se estrella cerca de Lahan, y es responsable en parte de la destrucción del pueblo. Su encuentro con Fei cambia su vida para siempre. Elly es optimista, y siempre quiere ayudar a Fei, a pesar de que él sea un habitante de la tierra y ella no pueda dejar el ejército. Lucha bastante bien con su vara y tiene un poderoso éter elemental, lo que la hace valiosa en el grupo.
Shitan Uzuki, es un doctor que vive en las montañas cerca de Lahan, con su esposa Yui y su hija Midori. Shitan nació en Solaris, y su nombre real es Hyuga Ricdeau. Shitan es un Ángel Guardián de Solaris, y su tarea es observar a Fei para comprobar si tiene relación con la destrucción del mundo. Shitan es responsable del desarrollo de muchos de los Gears vistos en el juego. Tiene relación con muchos individuos, incluyendo Ramsus, Sigurd y Jessie. Shitan lucha con los puños, pero más adelante con espadas.
Bartholomew Fátima, es el líder de un grupo de piratas, y llegan a ser amigos de Fei y de Shitan después de liberarlos de una prisión donde estaban. Bart es el heredero del reino de Av, pero su familia fue forzada a claudicar por un agente de Solaris llamado Sacan hace años. Lidera a los piratas a bordo del Yggdrasil. Bart es acompañado por su mentor, Sigurd, y por Maison. Usa un latigo en la batalla.
Ricardo Banderas, al que todos llaman Rico, es semi-humano y campeón de lucha de Gears en Nortune, la capital imperial de Kislev. Tiene una dudosa reputación. A pesar de ser un prisionero, vive mejor que muchos nobles. Rico es uno de los personajes mas fuertes del juego, pero también de los mas lentos.
Billy Lee Black, se presenta como un joven y pacifico cura de la Iglesia, y más tarde se revela que su labor es purificar el mundo de pecadores. Tiene problemas con su padre Jessiah (Jessie), que abandono a su familia después de que se fuesen a Solaris desde la Tierra. Su mentor a sido siempre el Obispo Stone, y Billy dedica su vida a la religión y a cuidar a los niños del orfanato y a su hermana pequeña Primera. Billy usa pistolas y hechizos bastante útiles.
Chu-Chu, está con Maru durante su adolescencia en el Castillo de Fátima. Su raza una vez vivió en los bosques, pero debido a Solaris su raza se extingió. Algunos se escaparon a Shebat y viven con Wiseman. Chu-Chu puede crecer hasta alzcanzar el tamaño de un Gear cuando su limitar físico sea quitado. Puede sanar a otros Gears, y no necesita combustible para luchar.
Esmeralda Kasim, es una colonia de nanomáquinas construida para ayudar a la raza humana. Kim Kasim (segunda encarnación de Fei) creó a Esmeralda durante la era de Zeboim para analizar el patrón genético de Elly. Esmeralda es revivida por Krelian para usar su tecnología. Es usada para proteger la puerta de Solaris, pero se une al grupo. El cuerpo hecho de nanomáquinas la hace una poderosa aliada, y posee Buenos hechizos.
Krelian, es el antihéroe del juego y es el líder de Solaris. Inicialmente fue un habitante de la Tierra, pero sus conocimientos científicos le permitieron prolongar su vida y estar por encima del Emperador de Solaris, Caín, y mandar en el gobierno, en el Ministerio de Gazel. Después de la muerte de su amada Sophia, Krelian deja de creer en Dios, y decide crear un Dios con sus propias manos.
Grahf, es un individuo con capa y mascar que Fei encuentra por primera vez en el desierto de Av. Busca al responsable de la destrucción de Lahan y ayuda a Fei para destruir a Dios. Aparece de vez en cuando con un Gear similar al de Fei. Grahf busca usar a Fei para sus propios propósitos y tiene una misteriosa relación con Krelian.