El sistema de batalla es una variante de ATB2 usado en Chrono Trigger y varios títulos de
Final Fantasy. Cuando una batalla comienza la pantalla cambia a un combate. Los personajes luchan con técnicas
de artes marciales y técnicas mortales que se aprenden combinando ataques fuertes, normales y débiles. Los
ataques consumen 3, 2 o 1 Punto(s) de Acción (AP) respectivamente. Comienzas con 3 AP por turno (insuficiente
para una técnica mortal) y según progresas conseguirás 6 AP por turno. En cierto punto de la historia, adquirirás
un AP adicional (7 AP por tuno) y podrás usar técnicas mortales elementales, que se irán desbloqueando subiendo
niveles. Debes acumular un total de 28 AP para realizar ataques combinados, y usar secuencias de técnicas mortales
para infligir daños críticos. Sólo se pueden encadenar técnicas mortales que gasten 6 AP o menos, así que según
avanzas la historia, algunas técnicas mortales individuales son mas poderosas que hacienda combinaciones.
También se pueden usar técnicas mágicas de apoyo o para dañar al enemigo. Esas habilidades están controladas por
Puntos de Éter (EP). A diferencia de los AP, los EP no se regeneran por tunos. Para la mayoría de los personajes
esas habilidades se llaman 'Éter,' pero para otros el nombre y el efecto cambia. Por ejemplo, para Fei se llama
'Chi,' y para Shitan es 'Arcano'. Lo normal en un RPG son personajes especializados en lucha o en magia, pero en
Xenogears los personajes están equilibrados en las dos acciones. Y con los Gears (Maquinas de lucha mecanizadas)
las habilidades con 'Éter' pueden aumentar, cambiar o ser inutilizadas.